国税庁の根拠と思われる消費税法基本通達です。
（社会福祉事業の委託に係る取扱い）
6－7－9 社会福祉法人等が地方公共団体等から当該地方公共団体等が設置した社会福祉施設の経営を委託された場合に、当該社会福祉法人等が行う当該社会福祉施設の経営は、法別表第一第七号ロ《社会福祉事業等に係る資産の譲渡等》に規定する社会福祉事業として行われる資産の譲渡等に該当し、非課税となる。（平12課消2－10により追加）
(注) 事業者が社会福祉施設に係る業務の一部を当該社会福祉施設を設置した地方公共団体等又は設置者である地方公共団体等から当該社会福祉施設の経営を委託された社会福祉法人等の委託により行う場合（当該業務の一部を行うことが社会福祉事業に該当する場合を除く。）、当該事業者が行う業務は、同号に規定する社会福祉事業として行われる資産の譲渡等には該当しないことに留意する。
社会福祉法の条文では、社会福祉事業の一つとして、「障害者の日常生活及び社会生活を総合的に支援するための法律･･･（中略）･･･に規定する地域活動支援センター･･･を経営する事業」があります。障害者相談支援事業を行う地域活動支援センターの経営（施設の管理運営）の委託ということなら非課税ですが、施設の管理運営は行わずに、障害者相談支援事業だけを行う形の委託なら、課税取引になってしまうということのようです。