仕入税額控除ができなくなる→取引ができなくなるという理由がよくわかりません。
支払先がインボイス発行事業者になっていない場合、消費税の計算に当たって、マイナスはできなくなるのですが、その分、法人税や所得税の計算に当たって、損金や必要経費になる部分が増えるのでは?したがって、消費税の納付額は増えるが、法人税や所得税の納付額は減るのでは？と思います。
法人税や所得税のことに言及せずに、消費税の負担だけ増えるかのような論調で話題になっているのが謎です。
参考
https://www.nta.go.jp/law/joho-zeikaishaku/hojin/shouhizei_faq/index.htm