久々に電子帳簿保存法関連です。電子データと紙のデータ、両方受領した場合の取扱いです。電子データが正のデータとされると、電子取引となり、電子データを印刷して保存しておくという今までの実務が認められなくなる？とのことです。
結論から申し上げますと、紙のデータがあれば十分であり、特別な対応は不要と考えます。全く同一の内容であれば、電子データは紙にも出力したデータをデータのままで相手方に送付したものにすぎないからです。
なお、電子データで正本とか副本とか持ち込んで説明する人もいますが、電子データに正本も副本もありません。すべて同一です。また、紙のデータでも正本と副本の区別というのは当事者間で決める者かと思います。通常は、「控えとして・・・」とか「請求書（控）」のように、正本と副本を区別するための記載があるので。