※ 論点整理を目的とした投稿ですので、事案の概要と論点をひとまとめにした箇条書きのみを記載しています。結論は、どこかの媒体で発表するかもしれませんし、発表しないかもしれません。
・個人の場合は「個人の青色申告の承認の取消しについて（事務運営指針）」が参考に。 https://www.nta.go.jp/law/jimu-unei/shotoku/shinkoku/000703-3/01.htm
・大別すると５パターンあるが、注目は、５の電子帳簿保存法関連。「今後の改善可能性等を総合勘案の上、真に青色申告書を提出するにふさわしいと認められるかどうかを検討」とあるため、調査官から指摘されたことに真摯に対応する必要あり？
・法人の場合は「法人の青色申告の承認の取消しについて（事務運営指針）」が参考に。 https://www.nta.go.jp/law/jimu-unei/hojin/000703-3/01.htm
・大別すると６パターンあり。「無申告又は期限後申告の場合における青色申告の承認の取消し」があるため、期限後申告のやりすぎに注意。電子帳簿保存法関連は個人と同様に真摯な対応が必要？